跨平台的化學自由軟體: Avogadro, 立體分子繪圖及看圖軟體 [論壇 - Ubuntu 與教育環境 (Edubuntu)]


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跨平台的化學自由軟體: Avogadro, 立體分子繪圖及看圖軟體
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之前接到通知, 最新版 0.9 版出來了, 我看過原始套件, 已經把正體中文的翻譯放進去. 因為我比較常上的只有 Ubuntu 台灣論壇及 OpenOffice.org 補給站, 所以把消息貼在這裡, 朋友們覺得有價值的話, 歡迎轉貼到其他地方 (在此宣佈本文是 Public domain, 是公共財, 不受著作權法保護及限制, 不用怕轉貼問題). 當然同時間我們也在進行其他計劃, 等有了基本成果後會到此跟大家分享, 也歡迎朋友們的指教.



1. 有關 Avogadro (GPL 授權, 可以免費取得)

a. 用途可以用在高中化學及大學化學課程, 無論是高中老師及高中生, 大學教授及大學生研究生, 化學主修或是非主修, 都可以應用. 無論是課堂上教學, 學生回家複習, 研究生及教授準備論文或是期刊初稿都可以使用

b. 繪圖功能: 可以選擇原子 (週期表上有的都可以選), 選擇鍵的種類 (單鍵, 雙鍵, 三鍵), 可以自動加上氫原子 (這是洪朝貴教授覺得很好用的功能, 不用自己算要加上多少氫原子), 可以調整鍵的長度及最適當的幾何形狀 (如 sp 是直線, sp2 是平面, sp3 是立體四面體)


c. 看圖功能, 可以看數種化學檔, 例如 PDB (protein data bank), xyz (某種化學檔). 但是我發現離子晶體還是當作共價鍵來處理, 因為裏面已經定元素的價數, 這部份我必須好好摸索, 再向大家報告.

d. 可以選擇顯示氫鍵, 環 (用不同顏色表示三員, 四員, 五員, 六員), 等功能, 非常適合高中及大學/研究所的教學

e. 若 Ghemical (化學立體分子繪圖軟體) 有 60 分, 那我會說 Avogadro 有 98 分, 所以現在我都大力推廣 Avogadro.

f. 其他有晶體及基礎物化的功能已經超出我的理解範圍, 恕我無法多做介紹.



2. 相關訊息

a. 官網
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page

b. 螢幕截圖
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Screenshots

c. 下載 (無論是 Mac 或 Windows, 請選擇自己適當的下載)
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro



d. 目前問題, 我在 Ubuntu 8.10 的套件庫安裝到的是 0.8.1 版, 這一版一切正常 (除了一些內部問題如把分子立體圖匯出成影像檔, 這部份原作者群還在努力).

此外, 最新 0.9 版, 剛釋出時, 在 Winddows XP 安裝後無法啟動, 以及自行用指令在 Linux 安裝失敗, 這兩件事該團隊正在改善中 (我原本以為是自己功力太遜, 用指令裝不起來)

所以最近他們應該會釋出修正版.




2. 中文翻譯: 由台灣某個小小的中文化團隊, Tryneeds 進行 (包括小弟我啦!). Tryneeds: http://tryneeds.westart.tw/tryneeds/

a. 因為我是假的化學人, 只能騙吃騙喝, 所以很多專業方面的字 (如結晶學, 物化) 不會翻的我就先留英文, 他日再說. 歡迎真正的化學人指教, 若能接手就更好了.

b. 有關翻譯不恰當的地方, 請大家不吝指正
這個 PDF 文件裏面有我的 email
http://moodle.club.tw/moodle/file.php/334/ch_all.pdf


c. 因為原作者已經把翻譯平台放到 Launchpad, 所以沒有翻譯檔的問題, 只要可以連線就好, 不過我還是要說明, 我用 Ubuntu 8.10, Firefox 3.0, Acer Aspire 2930專業字彙參考過國立編譯館, http://terms.nict.gov.tw/search1.php

剛好我以前的長官 (台大化學系劉緒宗教授) 擔任過該單位化學字彙的顧問, 幾個星期前遇到他, 向他解釋我正在進行的幾個翻譯計劃, 他建議國立編譯館的資訊參考就好, 但是不需要一味遵守, 翻譯是活的, 是要符合該字的原意及使用者的感受, 不是幾個專家說了算. 我想這建議很不錯, 翻譯要達到原意, 不用拘泥在字上面.

d. 翻譯檔的著作權, 就授權來說, 當時加入 Launchpad, 該網頁就聲明翻譯採 BSD 授權, 這是著作權裏自由授權種類的選擇,就台灣而言, 著作人格權屬於 Tryneeds, 著作財產權也屬於 Tryneeds. 適當時機, 我看看該如何把翻譯檔放出來.

3. 中文的使用說明文件

嗯~~~~~, 啊~~~~, 大家辛苦啦, 這部份還在我電腦硬碟的空白磁區.......我會儘快趕出來的.


特別感謝教育部 OSSACC (http://ossacc.moe.edu.tw/, http://ossacc.moe.edu.tw/modules/tinyd0/)
孫賜萍老師的鼓勵, 及 Tryneeds 中文化團隊的協助, 讓在我頹廢停擺多時之後, 又回到自由軟體中文化的路上, 盡一點點的心力.





大年初一, 應該要陪陪家人, 我還在網路上打混, 不過等不及跟大家分享這個好用的軟體, 我想論壇/社群也個的大家庭, 不是嗎?

--------
日內瓦一條牛 敬上

2009/1/26 16:05
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引用:『大年初一, 應該要陪陪家人, 我還在網路上打混, 不過等不及跟大家分享這個好用的軟體, 我想論壇/社群也個的大家庭, 不是嗎? 』


別這麼說,大家都是熱愛Ubuntu的地球人呀,雖然在下極少上來發言,實因底子太差了。

這個軟體很棒呀,在下很喜歡,有空會在自已的小站放上去的~~~

2009/1/26 16:47
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訪客
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Anon:訪客
我一個人就是整個家庭
只好窩到這個大家庭來

2009/1/26 17:14 | 4926c 67325 11f9b f3104
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Anon:訪客
推一下這些專業軟體

不知道linux上有沒有類似PSpice這類的電路模擬軟體,
真的這樣就能用linux工作了呢

2009/1/26 22:49 | 005b9 39991 7b0eb e5cb6
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Anon:訪客
我印象中在planetkde上看過這套軟體的作者之一的blog,
他現在正在美國作化學相關的博士後研究.
而且我記得好幾位參與KDE相關自由軟體的作者
是正在讀博士,或博士畢業進入業界,或剛成為大學教授

2009/1/27 10:19 | e565e e5eca f865d b01cf
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Anon:訪客
Tryneeds 團隊第一次聽到耶
也歡迎多來這裡討論翻譯的相關事項喔
不過請至專門的Ubuntu 中文翻譯討論版上討論!
方便大家集中相關主題!

2009/1/27 17:32 | 75878 66430 9b1e1 2165b
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這種一家人的感覺真好!


To #4

我再添加與刪除中選擇所有可以安裝的, 輸入 circuit 或 electric, 會得到下面的東西. 我不是學電子的, 但是我有興趣知道相關的軟體, 我曾試過 Ksimus, 但是就是不會用

Oregano electrical engineering tool
tool for schematical capture of electronic circuits

KSimus Circuit Simulator
KDE tool for simulating electrical circuits

tkgate Circuit Simulator
Event driven digital circuit simulator with Tcl/Tk

Eagle
Printed circuit board design tool

Qucs
Quite Universal Circuit Simulator

KLogic
digital circuit editor and simulator for KDE


後來在 google: PSpice ubuntu, 得到幾個網頁

http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=550991
其中這裡提到 ngspice http://ngspice.sourceforge.net/
希望對大哥您有幫助




給 #5

有關 Avogadro 作者群請見
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Credits


我剛開始看到一堆作者, 不確定要連絡誰, 先挑一位, 正在做博士後, 後來發現 Lauchpad 上有另一個人負責翻譯的部份, Geoffrey R. Hutchison, 起先寫信給他時, 我不知道他是University of Pittsburgh 化學系助理教授, 他會回信後我才發現. 我猜他是主要作者, 2004 取得西北大學化學博士, 2004-2007 在康乃爾大學作博士後, 不過我當時沒有遇過他, 一來是不同科系, 二來是我只有第 1 年在校總區 (Ithaca), 因為我老闆在分校區 (Geneva), 我就搬到分校區.

有關他的資料
http://geoffhutchison.net/about/
http://geoffhutchison.net/resume/

老實說, 我覺得他們很強, 不只化學強, 程式也強. 至於有沒有人參與 KDE 我就不知道了!


To #6
Sorry, 我一時無法解釋一些事情, Tryneeds 還在起步, 目的跟大家一樣是要做事要服務大家, 而不是惡性競爭, 我們會先避開有人已經再進行的翻譯, 挑適當的下手. 我想過一陣子, 協調人會說明.


過一陣子我再把當時連絡取得翻譯許可的過程及翻譯的想法貼出來.

2009/1/27 19:03
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jeecol 寫到:
這種一家人的感覺真好!


To #4

我再添加與刪除中選擇所有可以安裝的, 輸入 circuit 或 electric, 會得到下面的東西. 我不是學電子的, 但是我有興趣知道相關的軟體, 我曾試過 Ksimus, 但是就是不會用

Oregano electrical engineering tool
tool for schematical capture of electronic circuits

KSimus Circuit Simulator
KDE tool for simulating electrical circuits

tkgate Circuit Simulator
Event driven digital circuit simulator with Tcl/Tk

Eagle
Printed circuit board design tool

Qucs
Quite Universal Circuit Simulator

KLogic
digital circuit editor and simulator for KDE


後來在 google: PSpice ubuntu, 得到幾個網頁

http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=550991
其中這裡提到 ngspice http://ngspice.sourceforge.net/
希望對大哥您有幫助



喔喔,真感謝你的分享

稍微看了一下,

Qucs這套似乎相當不錯,

圖片很接近我以前使用的電路模擬軟體,

也還有在持續發展,

希望有朝一日學校能採用免費自由的模擬軟體啊

再次感謝j大的資料

2009/1/27 22:46
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jeecol 寫到:
To #6
Sorry, 我一時無法解釋一些事情, Tryneeds 還在起步, 目的跟大家一樣是要做事要服務大家, 而不是惡性競爭, 我們會先避開有人已經再進行的翻譯, 挑適當的下手. 我想過一陣子, 協調人會說明.


過一陣子我再把當時連絡取得翻譯許可的過程及翻譯的想法貼出來.

瞭解瞭解~
其實只是想說有關翻譯的文章都集中在同一個板下討論比較好
這個站沒有特定的翻譯組織在運作
但希望大家都能在這裡一同分享,並為自由軟體的中文化盡一些力
所以歡迎大家多多在中文翻譯板上發表討論
不要因為他叫「“Ubuntu”中文翻譯討論」板就只侷限於 Ubuntu 喔
請大家多多分享吧!

2009/1/27 23:22 | af2fc c13da 58cc0 a04f7
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回覆: 跨平台的化學自由軟體: Avogadro, 立體分子繪圖及看圖軟體
Anon:訪客

2009/1/27 23:26 | af2fc c13da 58cc0 a04f7
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