文件分享--化學生物類自由軟體 [論壇 - Ubuntu 與教育環境 (Edubuntu)]


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10f 的先生 給你鼓掌
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Anon:10f 的先生 給你鼓掌
10f 的先生 給你鼓掌
雖是雇員 那也不錯了阿
聽說雇員比 正式得來的操
聽你這樣說 果然不錯
不過還是給你嘉獎
雖然沒有記功
但你比一些米蟲好多了(我是說在混的那些人)
國家就是需要像你這種人 請加油
我同意
--------------------------
而大學研究所非資訊相關領域就更少
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這點沒錯

2009/3/15 20:12 | 42831 eefce d4c2b fc421
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可以問一下這個是做什麼的嗎??
看不太懂~小弟是ubuntu新手~
但是樓主精神可敬~

2009/4/15 15:06
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來自 新北市三芝區(鄉下地"區")
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就是化學生物類的自由軟體呀!!

2009/4/16 1:35
處理器:Intel Q9300
主機板:GIGABYTE GA-EP35-DS3
記憶體:A-DATA PC-DDR2 800 2GB*4
硬 碟:WD5000AAKS
光碟機:PIONEER DVR-213LS
顯示卡:MSI NX8500GT-TD512E
顯示器:CHIMEI CMV 221A
鍵&鼠:Logitech EX110
系 統:Ubuntu 11.10 & 11.10 (i386 & amd64)
    Windows XP SP3
    Windows 7 SP1
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自由軟體在科學界文件超少,幾年前我已經是一位很頻繁使用Scilab的學生,但是每次用出問題,上網總是只能找到那幾樣資料。
一氣之下乾脆自己寫文件去幫別人還比別人寫文件來幫你來的快很多。
很高興遇到同是在科學界為自由軟體耕耘的同好。
我這幾年沒在幫忙了,能力不夠,改由一位比我資深30年的老前輩繼續完成這個任務,數理領域已經由他耕耘了一大片新天地。
這是我幾年前剛開始做的事:
http://groups.google.com.tw/group/tw.bbs.comp.linux/browse_thread/thread/b6be32999c6dbfc8/4e4252728989a24d?lnk=gst&q=albatross#4e4252728989a24d
http://groups.google.com.tw/group/tw.bbs.comp.linux/browse_thread/thread/32055ddda0f80c31/d302405d1f9648d6?lnk=gst&q=scilab#d302405d1f9648d6

至今再來回顧這幾年的科學界,好像仍是蠻荒之地阿......
尤其是現在自己處的這間實驗室,Unix/Linux滲透率低到不行。
大家都Windows,大家都IE,大家都Origin,
我用Unix,firefox,Qtiplot還被當異類咧.....
因此自己一點對他們推廣的意願都沒有,不要被他們同化就好,
必要時自己轉成origin檔給他們用就可以了........
但是他們的自動控制要用Windows+LabView這目前看來
OpenSource界沒有相對應的東西,他們有自己自成一個的生態,
我完全不想動他們,連告訴他們我用的是什麼軟體都不想。

不過自己研究所畢業後,我會把自己的Qtiplot使用心得,
寫成教學文件放上來.
未來在科學界的推廣,大家都要加油,未來化學界靠你了......

2009/4/26 15:53
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嗯嗯,我們這邊倒是真的是微軟的天下了。只有跑模擬的OOMMF是自由軟體以外,其他全部是Windows+商業儀器控制軟體。
當我第一次踏進物理所時就很驚訝,他們早就完全用商業軟體,而且因該是被人配好的一切裝備......
這些學物理的人都不太在意軟體的東西,更不在意開源是什麼,他們有的是錢.....

以前我在地球科學領域,Linux/Unix用情形還比較多,因為他們要用grads畫圖,要跑Fortran 77程式。我是覺得在地科領域推行的起來。

很高興又遇到一位在科學界用自由軟體的同好,真的像是隔了一條街。也許我想大家在科學界都這麼低調原因就是:
沒有人動得了這個環境體制......

2009/4/26 22:28
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我是本文的原 po.

謝謝鷗兄等人

1. 文件我正在改寫, 因為 5/19 要到嘉義高中進行化學研習, 又最近又發現不錯的自由軟體與教材, 所以需要改寫, 完成後會到本討論分享.

2. 我現在正在地球科學領域, 的確是有不少人用 Linux, 尤其是大氣物理類的計算, 但是似乎沒有人在推廣, 他們只是用 Linux, 當作工具而已.

如果各位朋友們有興趣投入相關文件的編寫, 或是已經投入很久了, 不妨跟我們連絡, 大家分享一下經驗.


我個人目前是以志工的身分, 在本業之餘參與一些計劃, 其中某個計劃的子計劃有

1. Tryneeds 中文化
http://tryneeds.westart.tw/tryneeds/

2. Wekey 文件編寫
http://wekey.westart.tw/Wekey-wiki
其中的分類教育類是我比較投入的部份.

3. Ezgo 光碟的發行

若有興趣, 可以把自由授權文件放到光碟,
就像上次研習, 花蓮教網蕭老師除了安裝化學套件, 也把化學檔案及我用自由授權的文件放到光碟

請見
http://free.hlc.edu.tw/modules/news/article.php?storyid=3

可以與我們的協調人 (Eric Sun) 連絡
http://ossacc.moe.edu.tw/modules/tinyd0/

或與我連絡
http://idv.sinica.edu.tw/iychiang/freespirit.html

我一直覺得, 高手們在前面衝, 我應該幫忙銜接中間這一塊, 用透過簡單易懂的文件, 把教育類自由軟體/自由教材, 介紹給大家, 這樣分工才能減輕高手們的負擔, 讓更多人體會到自由精神.

2009/4/26 23:28
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大氣物理類的計算,我以前的大學同學他們用的是mm5:
http://www.mmm.ucar.edu/mm5/
我是完全徹底不懂,他究竟是理論還是軟體?
ftp站裡的source code沒寫授權。
他們用grads和ncl_ncarg來繪圖,大氣系的程式繪圖課程會教,
因為這是工具,我是不知道這要如何推廣.....
你說的沒錯,他們是把這些當工具而已.....
或是你們指的是其他的軟體,看看能不能提出來,
或許我可以幫忙,但沒辦法寫教學,只能翻官方文件。

2009/4/26 23:51
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OASYS 及鷗兄,

有關物理的自由教材, 這裡有封 email, 是 2009-04-12, 我寫給我們團隊的.


日內瓦一條牛
---------------------------------
團隊的伙伴們大家好.

我又來疲勞轟炸了.

最近又發現一些自由授權的教育類教學 java 模擬. 過去我一直花時間在 sourceforge 裏搜尋, 但是成果不多, 前兩天不知哪條神經不對, 使用古狗

google: creative commons physics
或者 creative commons physics simulations
(當然我也是把科目名稱換成 chemistry, biology, math 等, 找到幾個不錯的, 下次再來分享)

就這樣找到幾個不錯的東西, 似乎走出 sourceforge, 或是 gnome/KDE 的教育類軟體, 其實自由的世界也蠻廣大的.


大家看過後, 請幫忙想一下,

1. 這些動畫可否下載? 因為是嵌在瀏覽器上, 我不確定是否可以下載, 如果可以下載, 就可以散佈. 如果可以散佈, 那我們該如何處理? 為每個動畫寫文件? 有的無法翻譯是否就用英文原文? 如果無法下載, 那我們是否就放聯結,

2. 是否推廣需要 flash 播放的動畫教學? 動畫是自由授權沒錯, 但是用到 flash 這種封閉的東西, 會引起自由部份領導人的不滿. flash 有提供給 Linux 免費使用沒錯. 我個人認為, 現在是自由授權萌芽階段, 沒有必要這麼嚴格. 而且這些教育類的軟體與動畫, 目標是學生/家長/老師/教授, 目的是讓他們可以合法的用來教學及學習 (免費就不用說了, 需要費用的我不會加進來). 在此目標及目的下, 能容忍的, 就容忍吧.


A. Animations for Physics and Astronomy 物理及天文動畫 (CC 授權, 非商業用途)
http://rt210.sl.psu.edu/phys_anim/Phys_anim.htm

該作者說教學動畫也可以在 Youtube 看到
http://www.youtube.com/profile?user=mrg3

畫面左側有分類選單, 進入後可以點選選擇 QT Embedded / Media / Old Embedded 三種其中一種來播放.

裏面有很多教學主題, 其中一個我很喜歡

Why Solar Eclipses Don't Happen Every Month 為何日蝕不會每個月都發生
http://phys23p.sl.psu.edu/phys_anim/astro/embederQ4.104.html

畫面上半是從地球看太陽的樣子, 畫面下方是從旁觀者的角度來看, 一下就知道為何每次初一, 月亮不見得會遮住太陽.
放個影片, 勝過老師講到口乾舌燥.



B. Flash Animations for Physics (擺明了就是用 flash 播放)
http://faraday.physics.utoronto.ca/GeneralInterest/Harrison/Flash/
CC 授權, 計名-相同方式分享-非商業用途

物理內容很多

1 . 高中物理如: 光電效應及康普敦效應
http://faraday.physics.utoronto.ca/GeneralInterest/Harrison/Flash/Nuclear/XRayInteract/XRayInteract.html

液體折射/反射/全反射
http://www.upscale.utoronto.ca/PVB/Harrison/Flash/Optics/Refraction/Refraction.html


2. 國中理化如: 光反射, 入射角/反射角/法線
http://faraday.physics.utoronto.ca/PVB/Harrison/Flash/Reflection/Reflection.html



C. Physical Science Resouce Cnter 名稱叫作物理科學資源中心, 想必有很多物理相關的教學
http://www.compadre.org/psrc/
畫面左側有一些分類, 由上到下如天文, 古典力學, 教育類基金會....... 可以點入然後慢慢找尋自己需要的東西.


我大概看了幾個

1.例如有些教學動畫
Boston University Physics Applets: Second Semester
http://physics.bu.edu/~duffy/semester2/

例如 有關極化, 如某些太陽眼鏡有偏光鏡功能, 畫面中的可以做立體旋轉
http://physics.bu.edu/~duffy/semester2/c27_malus.html

---------> 但是我還沒到這個的授權聲明


2. An Atlas of the Universe 宇宙圖鑑
http://www.atlasoftheuniverse.com/
內容是 CC 自由授權, 不限制商業用途.


To 鄒老師, 除了上面之外, 還有

1. PhET, 我們已經取得翻譯許可, 翻譯的工作.......正在頭痛中
http://phet.colorado.edu/index.php

2. JAVA simulations (有公開原使碼但是非自由)
http://www.falstad.com/mathphysics.html#qm
裏面的原子分子軌域, 是我目前遇到最好的軌域教學軟體


-------> 我的建議是, 應該把教育類自由軟體擴大成 "自由教材", 這樣能包容更多東西, 包括軟體動畫影片等.


歡迎各位評論一下這些自由教材, 看看是否適合用於我們的教育.

2009/5/1 0:50
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當然適合,甚至我個人覺得可以直接整理編輯放入wikibook裡面.
http://zh.wikibooks.org
雖然這個站沒什麼人去編輯它,但是它本身就是設計來自由傳播知識的網站。裡面大部分條目內容很破碎,有待大家加強它.......
某些抓不下來的動畫可以用連網址的方式。
至於flash部份,我沒意見(因為猜不透開放或封閉的程度到多少),
看看OASYS兄的意見。

2009/5/1 2:35
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5/14 2009 慌亂中不得不完成這一版, 相較於前一版, 這次加入不少資料, 灌水灌到 70 多頁. 這次加入非自由的東西, 沒辦法, 為了教學, 也希望有能力的人可以協助這領域的自由化, 或者說, 教育軟體與教材的自由化.

任何問題, 歡迎來信討論

日內瓦一條牛
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團隊的伙伴們及化學學科中心,大家好

最近趕工完成的 2009-5 月版的笨牛手冊

原始檔
http://163.20.82.252/iychiang/2009/2009_05_OD_chem_bio_manual.odt

PDF 檔
http://163.20.82.252/iychiang/2009/2009_05_OD_chem_bio_manual.pdf

------>錯字可能很多, 原諒我吧,

5/19 將會到嘉義高中研習
http://inservice.edu.tw/script/CourseView.aspx?CourseId=322380
他們把我的職稱打錯了, 在研究員前面請加上 "博士後" 3 個字. 有沒有這 3 個字差多少? 差 15 年

其中我提到 PhET 一些化學教學, 部份的中文化是由謝祿適博士完成, 我終於大概知道該如何進行 PhET的中文化, 謝謝謝博士 的技術指導.

這些網頁往下轉, 可以看到 Chinese, Taiwan 正是中文化的教材
pH 教學
http://phet.colorado.edu/simulations/sims.php?sim=pH_Scale

溫室氣體
http://phet.colorado.edu/simulations/sims.php?sim=The_Greenhouse_Effect

化學可逆反應 (反應平衡)
http://phet.colorado.edu/simulations/sims.php?sim=Reversible_Reactions

2009/5/15 12:44
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