自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔 [論壇 - Ubuntu 與工具程式及軟體推薦]


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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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jeecol大大請問您在專案申請的帳號是?我們打算寄加入確認信給您

2006/12/27 22:58
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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關於liaozi大大您所提到的4個問題,
gftp之前有傳輸編碼的問題,記得pcman大有討論過,有修正版
amule有搜尋的問題,用utf-8字元找不到東西
jre字形支援不完全
mplayer建議加上預先的字型及xv輸出設定於~/.mplayer/config中


其中aMule我們團隊在6.10下測試使用繁體中文及日文皆可搜尋到東西,不知道您所遇到的問題是?
另外其他三項關於gftp,jre,mplayer的問題,我們團隊想請問不知道您對於gftp 的載點, jre 的改法以及 mplayer 的改法有什麼建議呢?希望您可以提供我們團隊幾個改進的方法,謝謝^^

2006/12/27 23:08
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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小弟終於收到確認信, 被分類倒垃圾信了. 不過我已經啟動自由軟體鑄造場的帳號, 也是用相同的代號. 我順便把上次的建議貼在這裡.

我會慢慢的寫些說明, 並強調可以跨平台的軟體, 我想大家都同意, 從使用跨平台軟體下手, 可以減少一般使用者在換作業系統的不適應.

至於其他軟體, 我會慢慢試用後再建議. 例如影像分析軟體, 可以把區分顯微鏡拍的照片中的酵母菌及細菌, 我已經找到幾個, 但是還不會用

------------------
1. 數據繪圖

一般而言生物領域所需要數據作圖或是科學繪圖的軟體中,最重要的功能是要可以畫 error bar, 及作回歸線 (線性, 及其他回歸)
Gnuplot 是很強, 但是指令式的軟體可能會嚇跑一堆人, 我自己碰過幾次也就放棄了.

a. RLplot (這個我常用)
http://rlplot.sourceforge.net/
Package: rlplot (1.1.2-1) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/math/rlplot

b. Gnumeric
http://www.gnome.org/projects/gnumeric/
Package: gnumeric (1.7.0-1ubuntu4)
http://packages.ubuntu.com/edgy/math/gnumeric

c. Grace (這我同學常用)
http://plasma-gate.weizmann.ac.il/Grace/
Package: grace (1:5.1.20-1) [universe]:
http://packages.ubuntu.com/edgy/math/grace
PS: 用 synaptic 會找到兩個套件, 其中 grace 是 GUI, 而 grace6 是指令式

d. qitplot: 但是這個要註冊才能下載.
http://soft.proindependent.com/qtiplot.html
packages.ubuntu.com 沒有這個套件

e. labplot
http://labplot.sourceforge.net/
Package: labplot (1.5.1-1ubuntu1) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/kde/labplot

f. scigraphica
http://scigraphica.sourceforge.net/
Package: scigraphica (0.8.0-9.1ubuntu2) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/math/scigraphica



2. 化學軟體

a. chemtool (我常用)
http://ruby.chemie.uni-freiburg.de/~martin/chemtool/
Package: chemtool (1.6.9-1ubuntu1) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/science/chemtool

b. xdrawchem (我常用)
http://xdrawchem.sourceforge.net/
Package: xdrawchem (1.9.9-1ubuntu1) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/science/xdrawchem

c. pymol (可以畫結構, 也可以展示蛋白質立體結構 from PDB file)
http://pymol.sourceforge.net/
Package: pymol (0.98+0.99rc6-1ubuntu1) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/science/pymol

d. easychem (有人說好用, 但我覺的難用)
http://easychem.sourceforge.net/
Package: easychem (0.6-2) [universe]
http://packages.ubuntu.com/edgy/science/easychem

e. bkchem (但是我之前用都說缺少 cairo_pdf 套件, 輸出成 svg 也有問題, 單獨用可以, 目前無法與 OOo 整合)
http://bkchem.zirael.org/
Ubuntu 沒這個套件
下載:http://bkchem.zirael.org/download_en.html

f. gchempaint
http://www.nongnu.org/gchempaint/
Ubuntu 沒這個套件
下載: http://download.savannah.nongnu.org/releases/gchempaint/



3. 其他重要的

a. 圖書編目: Bibus
http://bibus-biblio.sourceforge.net/wiki/index.php/Main_Page
---------------
安裝:
Debian and Ubuntu

* You must run debian testing or unstable to get OpenOffice.org connection
* Ubuntu must be breezy release
* Add the following lines to your /etc/apt/sources.list

deb http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./
deb-src http://switch.dl.sourceforge.net/sourceforge/bibus-biblio ./

* apt-get update
* apt-get install python-pysqlite2 bibus bibus-doc-en
* optional:
o debian: apt-get openoffice.org
o Ubuntu: apt-get openoffice.org2
o apt-get mysql-server mysql-common mysql-client python-mysqldb
----------------

b. 照片批次改檔, 我常有很多實驗照片, 拍攝是用 1600*1200, 但是正式使用在文件時確只要 800*600
,需要 resize and rename, 所以改檔及重設照片大小就用 Gwenview (and plugin: kipi-plugins),
批次改檔名用 Gthumb

Package: kipi-plugins (0.1.2-1ubuntu2)
http://packages.ubuntu.com/edgy/kde/kipi-plugins

PS: 我試過 imagemagick, 很強沒錯, 但是這是指令式總是不方便, 再者 imagemagick 的命名功能不強.
http://www.imagemagick.org/script/index.php

c. Plugger: 查詢美國專利時, 使用 Firefox 查看專利的影像檔

有關相關說明的網頁請見:
http://www.uspto.gov/patft/help/images.htm

**You must have a properly configured Web browser with an image display plug-in capable of displaying TIFF images with T.6 (CCITT Group 4) compression. Further directions are provided on the Web page at...


Plugger 5.1.3: Streaming Multimedia Plugin for Unix Mozilla
http://fredrik.hubbe.net/plugger.html

PS: 我在 Synaptic 中找到 moplugger 1.7, 但是我發現安裝了 mopluger 可以看專利的影像檔, 但是影像出現一個的小視窗是 imagemagick, 目前無法求證它的重要性, . 但是下載 Plugger 5.1.3 要自己 compile, 我試過但沒有成功.
-------
笨牛, 日內瓦一條牛

2006/12/28 1:49
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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小弟這一兩天自己試做了一個Ubuntu安裝後設定檔-額外版(ubtw-ais-extra),放在:
http://missmomo0911.myweb.hinet.net/ubtwais-extra_test.tar.gz

目前還在test狀態囧,小弟只是先把一些軟體的圖示安裝檔放進去,然後分成幾個類別,至於要不要加上圖形介面或是要不要整合進ubtw-ais裡面還待我們團隊討論以及聆聽各位的意見,總之小弟先丟出來給大家看看有沒有什麼意見或想法,歡迎大家提供建議給我們團隊,謝謝^^(很粗糙請勿介意Orz)

2006/12/29 17:30
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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missmomo0911 寫到:
關於liaozi大大您所提到的4個問題,
gftp之前有傳輸編碼的問題,記得pcman大有討論過,有修正版
amule有搜尋的問題,用utf-8字元找不到東西
jre字形支援不完全
mplayer建議加上預先的字型及xv輸出設定於~/.mplayer/config中


其中aMule我們團隊在6.10下測試使用繁體中文及日文皆可搜尋到東西,不知道您所遇到的問題是?
另外其他三項關於gftp,jre,mplayer的問題,我們團隊想請問不知道您對於gftp 的載點, jre 的改法以及 mplayer 的改法有什麼建議呢?希望您可以提供我們團隊幾個改進的方法,謝謝^^


gftp要測編碼過程有點複雜,比如說ftp server端是架在哪種平台,傳輸過程是以utf-8傳送還是big5傳送....等等
這個問題曾被提出來討論
gftp的討論

amule的問題看來已經獲得修正了 :)

jre字型支援不完全的問題
我的解法是安裝好jre後,再修改fontconfig.properties
或許可以用sed的方式去取代掉有問題的字串,或者是找修正過的檔直接取代fontconfig.properties

mplayer要設定xv輸出,也可替使用者加入螢幕字型
建立此檔 ~/.mplayer/config
# Write your default config options here!
font=/usr/share/fonts/truetype/arphic/uming.ttf
sub-fuzziness=1
subcp=cp950
unicode=yes
subfont-autoscale=2
subfont-text-scale=3
vo=xv



2007/1/1 18:00
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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不好意思拖了這麼久才擠出一點點. 我先把我常用的寫出來, 剩下的不常用但是重要的, 會慢慢完成. 當然兩位大大絕對可以修改下文到適合放到說明文件上.

-------------------
A.數據繪圖

**RLplot**
真的是 publication quality, 畫出來的圖比 Excel, Calc 好太多

1. 跨平台. 一般常見的曲線折線柱狀圓餅圖都有, 修改圖形的功能齊全, 還有 3D (xyz data) 繪圖
2. error bar 的繪製相當簡單. 可設定多個 X 軸及 Y 軸, 當然包括 log 值的軸
3. 輸出到 OOo 時,
a. 可以選 .eps (但是有足碼如 H2O, CO2 的數字及希臘字母如 alpha, beta, micron 貼到 OOo 會錯亂)
b. 輸出成 .svg, 目前 OOo 沒有直接支援 .svg, 必須安裝 filter
c. 輸出成 .tiff, 如需列印, 輸出時可以選 300 dpi or higher. 如果覺得 tiff 太大,可用 gwenview or gthumb 軟體存成 .png, 就可以貼到 OOo (如一張 tiff 可能有 7 Mb, 轉成 png 只有 70 Kb). 在 OOo 正式支援 svg 前, 先建議用 png.

4. 目前統計的功能有 compare means, ANOVA, Regression, 2x2 table. 1.0 版時沒有統計功能, 1.1 後慢慢加入, 可以想見未來會有更多統計功能.
5. 目前 Ubuntu 的版本是 1.1.2 版, 想要用最新版的的可以下載原始檔或是 rpm, 用 alien 轉成 deb.


**Gnumeric**

1. 跨平台. 介面看起來像 Calc or Excel, 但是操作上卻大大不相同, 需要適應一下才能上手.
2. 修改圖形的功能很強.統計及數據分析的功能也很齊全.
3. 所畫的圖, 可以輸出成 svg, png, jpg.
4. 建議先讀或是使用上遇到困難時可以看看官網的使用說明.
http://www.gnome.org/projects/gnumeric/doc/gnumeric.shtml


B. 化學軟體

**chemtool**
1. 操作上與一般常見的化學繪圖軟體略有不同, 這要適應一下
2. 化學結構範本包括有多種環類, 糖類, 胺基酸等
3. 可以輸出成 svg, mol 等格式, 若要把圖貼到 OOo, 先選擇輸出成 eps, x Bitmap, EMF. 其中推荐 EMF, 放大後沒有鋸齒狀.
4. 目前只能在 Unix-like 系統使用


**xdrawchem **
http://xdrawchem.sourceforge.net/

1. 跨平台
2. 若覺得雙鍵的距離過小而難看, 可以改設定: Format > Draw settings > 其中 double bond space 調成 10 pixels.
3. 有預測 1H, 13C NMR, IR, pKa 等功能.
4. 可以輸出成 png, svg, eps, bmp 等, 但是圖的品質欠佳, 貼到 OOo 後更慘


**pymol**

1. 跨平台, 可以展示蛋白質立體結構 (PDB 檔). 可以到這裡: www.rcsb.org, 搜尋 (如 DNA polymerase I), 下載 PDB 檔, 使用 pymol 開啟檔案. 至於如何顯示原子結構, 電荷分佈, 或是顯示特定胺基酸, 請參考官方說明.
2. 可以自行畫結構 (3D), 可以旋轉.


**bkchem**
http://bkchem.zirael.org/
下載:http://bkchem.zirael.org/download_en.html

可以輸出成 svg, png, pdf (需安裝 cairo, 請見該說明檔), 也可以輸出成 OOo Draw (.sxd), 圖形貼到 Writer or Impress, 即使放大也沒有鋸齒狀. 但是一般沒有文字的化學式可以正常顯示, 有文字的如 CH3CHOH, 其中有英文字母部份轉成 OOo Draw 後會變黑黑一大團, 原來是字形的外框是黑色線條, 寬度 1 cm, 把框線設成看不見就好了. 希望有更好的解決辦法.


C. 其他


**排版軟體 scribus**
使用 OOo Impress 製作海報時, 目前 OOo 2.1 最大只能 119 cm * 119 cm. 若覺得不夠, 可以用專業的排版軟體, scribus, 可到 352.7 cm * 352.7 cm.


**圖書編目: Bibus**

1. 跨平台. 根據 OOo 官網的說法 (bibliographic.openoffice.org) bibus 與 OOo 的整合性相當的好
2. 筆者正在編輯 bibus 的使用方法, 請見 ooo.tnc.edu.tw/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=2022&forum=1&post_id=7866#forumpost7866


**照片批次改檔**
(改大小改檔名等) 所以改檔及重設照片大小就用 Gwenview (and plugin: kipi-plugins),
批次改檔名用 Gthumb

Package: kipi-plugins (0.1.2-1ubuntu2)
http://packages.ubuntu.com/edgy/kde/kipi-plugins

**Plugger**
查詢美國專利時, 使用 Firefox 查看專利的影像檔

有關相關說明的網頁請見:
http://www.uspto.gov/patft/help/images.htm

美國專利可以免費線上查詢, 但是只有文字說明, 必須安裝 plugger 才能看到圖片 (或是 mozplug)

這裡有個例子: 台南某公司的開罐器獲得美國專利 (6,691,419)
在這網頁輸入專利號碼: patft.uspto.gov/netahtml/PTO/srchnum.htm 點選 image 就可以看到設計圖

-------
日內瓦一條牛

2007/1/17 4:47
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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請大家目前先不要下載Ubuntu安裝後設定檔的相關檔案來使用,前些日子重安裝系統使用上發現還有一些bug待修正,很想儘快放出修正檔,但製作/修改原始碼的大大目前要準備大考,所以...會有其他的解決方法(儘快修正或是交給其他厲害的大大接續完成...等等),請大家見諒,如果有使用本專案檔案造成困擾者,小弟在這邊致上歉意Orz

2007/1/21 10:13
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Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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讓大家久等了~@@(連結下載),由於小弟電腦重灌,稍微試了一下,果然怪怪的,所以已經大量修改。
除此之外,器奇提議說不要更改原來的套件列表,小弟也弄了。

但是大家的提議會漸漸補上去的~^^"

新年快樂

2007/2/18 15:40
~^_^~...快樂用 GNU/Linux 中...
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ubuntu 7.04使用不能


有辦法解決嗎?

2007/4/21 0:12
應用擴展 工具箱
Re: 自製工具程式:Ubuntu 安裝後設定檔
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忘了po到這篇上,這個工具目前是凍結起來的,由於一些bug所以不建議使用,抱歉喔Orz,另外當時還沒出現7.04所以...不能使用XD

2007/4/21 0:14
應用擴展 工具箱

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