您應該比較適合直接把系統安裝至隨身碟，而不是製作即時系統(live system)
不過隨身碟的存取速度要更快，我之前好一陣子都是這樣搞
不同的機器對 USB 儲存裝置開機的相容性也不一樣，有時候只能靠 Plop boot manager CD 間接啟動

Iso Mint 13
燒錄程式 Unebooting
FAT 32

FAT32 的 格式 有好幾種
0b WIN95 OSR2 FAT32
0c WIN95 OSR2 FAT32, LBA-mapped
8b Legacy Fault Tolerant FAT32 volume
8c Legacy Fault Tolerant FAT32 volume using BIOS extd INT 13h
8d Free FDISK 0.96+ hidden Primary DOS FAT12 partitition
97 Free FDISK 0.96+ hidden Primary DOS FAT32 partitition
98 Free FDISK 0.96+ hidden Primary DOS FAT32 partitition (LBA)
bc Acronis backup partition
cb DR-DOS 7.04+ secured FAT32 (CHS)/
cc DR-DOS 7.04+ secured FAT32 (LBA)/
d0 REAL/32 secure big partition

所以建議你 先使用 ubuntu 裏面的 gparted 格式化 成 FAT32 或 ext2 形態
才能拿來燒錄 Ubuntu 或 Mint 的 Live USB
你使用別的 格式化 軟體 有時 會碰到 不相容 問題

但是 如果你是 要把 Ubuntu 或 Mint 安裝 在 USB
必須先把 USB 分割區 格式化 成 ext2/ext3/ext4
FAT32 與 NTFS 格式類型 安裝過程 沒問題
但是 安裝完 重開機 就會失敗 碰到的情況 跟你描述 的情況 接近